夫婦で話し合いお互い納得の上であれば問題ないです。
仕事も人によってやり方が違う場合がありますよね？得意なやり方が人によって違うと思います。
我が家でも妻は床掃除をモップ系の道具でしますが、私はどちらかというと掃除機でします。男女の筋力の差が影響しているのかもしれません。
しかし、妻が中心に家事を担い、遅れて夫が加わっているご夫婦の場合は注意が必要です。
会社内でも入社間もない新人がベテランのやり方を無視して自己流で仕事を遂行すると、ベテランの方の気持ちは穏やかではありませんよね？
結婚し、子どもが生まれてから家事に参加した夫なら、妻のやり方に沿って行った方がいいでしょう。

重要なのは夫婦でストレスなく家事を行うためには、個別の家事のゴールを共有することです。平日の家事はここまでがゴール（例：食後はダイニングテーブルの下だけ掃除するなど）と夫婦で共有すれば、やり方が違えどもお互いのイライラが増えることも少ないでしょう。

家事全般に言えることですが、夫婦で家事についてどれだけ話し合いを行っているかが【満足度】につながっているという調査結果もあります。夫婦でよく話し合い、楽しい家事育児を目指してくださいね。